原核生物（prokaryote）是以原核細胞構成的，均為單細胞生物，通常稱為細菌（bacterium）。

根據外表特征，可把原核生物粗分為“三菌三體"6種類型，即細菌（狹義的）、放線菌、藍細菌、支原體、立克次氏體和衣原體。

1、細菌

是在自然界分布zui廣、個體數量最多的有機體，是大自然物質循環的主要參與者。細菌主要由細胞壁、細胞膜、細胞質、核質體等部分組成，有的細菌還有莢膜、鞭毛、菌毛等特殊結構。絕大多數細菌的直徑大小在0.5-5微米之間。可根據形狀分成三類：球菌、桿菌和螺旋菌。

2、放線菌微米

放線菌是具有菌絲、以孢子進行繁殖、革蘭氏染色陽性的一類原核微生物。因其具有分枝狀菌絲、菌落形態與霉菌相似，過去曾認為放線菌是"介于細菌與真菌之間的微生物"。然而，用近代生物學技術所進行的研究結果表明，放線菌實際上是屬于細菌范疇內的原核微生物，只不過其細胞形態為分枝狀菌絲。從系統發育上看，放線菌（除高溫放線菌外）與全部G+細菌一起同屬于這一大分支中的高G+C/mol%群。

3、藍藻

藍藻又稱藍細菌（cyanobacterium），能進行與高等植物類似的光合作用（以水為電子供體，放出氧氣），與光合細菌的光合作用的機制不一樣，因此被認為是zui簡單的植物。藍藻沒有葉綠體，但含有藻藍素（呈藍色，但含量少）和葉綠素（呈綠色并且含量多），是能夠進行光合作用的自養生物。細菌中絕大多數種類是營腐生或者寄生生活的一種生物。藍藻和細菌中，都沒有成型的細胞核。藍藻細胞遺傳信息載體與其它原核細胞一樣，是一個環狀DNA分子，但遺傳信息量很大，可與高等植物相比。因為藍藻細胞的體積比其它原核細胞大得多，直徑一般在10微米，甚至可達70微米（顫藻），所以肉眼不能看清藍藻細胞。藍藻屬單細胞生物，有些藍藻經常以絲狀的細胞群體存在，如：屬藍藻門念珠藻類的發菜（nostoc commune var.flagtlliforme）就是藍藻的絲狀體；發菜生長在西北草地和荒漠，因為和“發財"諧音，所以被人爭相食用，現已被我國列為保護生物；做綠肥的紅萍實際上是一種固氮藍藻與水生蕨類滿江紅的共生體。藍球藻，念珠藻，顫藻，發菜（細胞群體呈黑藍色）均屬于藍藻，所以藍藻并不都是呈現綠色的。

4、支原體

支原體（mycoplasma）的大小通常為0.2-0.3微米，是現認為最小的細胞，可通過濾菌器。無細胞壁，不能維持固定的形態而呈現多形性。細胞膜中膽gu醇含量較多，約占36%，這對保持細胞膜的完整性是必需的，凡能作用于膽gu醇的物質（如2性霉素B、皂素等）均可引起支原體膜的破壞而使支原體死亡。

支原體基因組為一環狀雙鏈DNA，分子量小（僅有大腸桿菌的五分之一），合成與代謝很有限。肺炎支原體的一端有一種特殊的末端結構（terminal structure），能使支原體粘附于呼吸道粘膜上皮細胞表面，與致病性有關。

5、衣原體和立克次氏體

衣原體（Chlamydia）很小，直徑200-500納米，能通過細菌濾膜。立克次氏體（Rickettsia）略大，大多不能通過濾菌膜。它們都有DNA和RNA，有革蘭氏陰性細菌特征的含肽聚糖的細胞壁，但酶系統不wan全，必須在寄主細胞內生活，有攝能寄生物（energe parasite）之稱。

砂眼是衣原體引起的，由于能形成包含體，起初被認為是大型病毒，1956年，中國著名微生物學家湯飛凡及其助手張曉樓等人shou次分離到沙眼的病原體。

6、立克次氏體

衣原體生活史特殊，具有感染力的個體稱為原體（elementory body），體積小，有堅韌的細胞壁。在宿主細胞內，原體逐漸伸長，形成無感染力的個體，稱作始體（initial body），是一種薄壁的球狀細胞，體積較大，通過二等分裂的方式在宿主細胞內形成一個微菌落，隨后大量的子細胞有分化為具有感染能力的原體。立克次氏體也是專性細胞內寄生的，主要寄生于節肢動物，有的會通過蚤、虱、蜱、螨傳入人體、如斑疹傷寒、戰壕熱。