瓊脂糖凝膠電泳的原理
瓊脂糖凝膠電泳是以瓊脂糖為介質，對不同大小的DNA 或 RNA 實現分離的一種電泳方法。瓊脂糖是一種多糖，具有親水性，但是不帶電荷。
使得 DNA 在堿性條件下使其帶負電荷（pH8.0 的緩沖液），在電流作用下，以瓊脂糖凝膠為介質，由負極向正極移動，根據不同的 DNA 分子片段的大小和形狀不同，在電場中泳動的速率也不相同，同時在樣品中加入染料能夠和DNA 分子間形成絡合物，經過紫外照射，可以看到 DNA 的位置，從而達到分離、鑒定的目的。
如何選擇瓊脂糖凝膠的濃度
目的產物大小80BP的片段，你可以用2.0%的瓊脂糖凝膠進行電泳，瓊脂糖以及TAE的量的多少，首先與你跑得樣品的個數有關，因為你樣品的個數決定了你膠槽的體積，膠槽的體積決定了你的TAE的量，決定了瓊脂糖的量，比如說你膠槽的體積是20ml, 那么你要配2.0%的膠，就需要20ml的TAE和0.4g的瓊脂糖。
做膠的時候要注意一定要讓瓊脂糖充分溶解，可以煮沸，同時也要注意煮沸的過程中TAE的蒸發，我第一次做膠的時候，用燒瓶煮沸差點都蒸發光了；再就是加EB的時候以不燙手為標準，因為高于70度時EB會升華蒸發，過于冷卻了會使EB的濃度不均；因為EB為致癌物質，所以操作時一定要注意做好自我保護；再就是膠槽要洗干凈，梳齒一定要放正，免得跑出來的帶不整齊。
跑膠的時間和電壓成反比，電壓和電泳槽兩個電極之間的距離成正比，一般是小于5V/cm. 因為你的片段很小，所以很有可能和引物二聚體無法區分，所以你再跑電泳時時間應該適當延長一些，可以使溴芬蘭指示條帶跑過膠的2/3處，因為時間長了，因物二聚體就會跑沒了，而目的產物不會。
瓊脂糖凝膠電泳注意事項
底板一定要用膠帶封緊，否則灌膠時凝膠會漏出。可以在灌膠時先倒少量凝膠在交界處，利用凝固的凝膠將其封緊。
梳子一定不能插到底部，應距離底部1-2mm，否則拔梳子時容易弄破凝膠，導致漏膠，加熱時應注意不要讓瓊脂糖沸騰得太厲害，稍稍沸騰至溶液清涼，即其全部溶解即可，過度沸騰會導致凝膠實際濃度的提高。
將凝膠放入電泳槽時要注意極性，不要正負極顛倒。要注意撕去兩端的封帶，凝膠的濃度與待分離的DNA的大小有關。一般濃度為1%，低濃度的膠特別易碎，要注意。
