轉染是將外源性基因導入細胞內的一種專門技術。轉染大致可分為物理介導、化學介導和生物介導三類途徑。電穿孔法、顯微注射和基因槍屬于通過物理方法將基因導入細胞的范例；化學介導方法中脂質體轉染方法較為常用；生物介導方法現在比較多見的各種病毒介導的轉染技術。
什么是內毒素？
細菌內毒素是革蘭氏陰性菌細胞壁上的一種脂多糖（LipopolySaccharide,LPS）和蛋白的復合物，當細菌裂解時便會大量釋放出來。內毒素單位為EU。
內毒素對試驗的影響
內毒素存在極大程度地影響轉染效率。同時內毒素還可能激活免疫細胞的非特異反應，造成實驗中的假陽性。因此，為了保證高轉染率和轉染細胞高存活率，必須從質粒制備的過程中將內毒素去除。
內毒素和質粒的關系
由于內毒素兩親性和負電荷性，性質類似于DNA，因此在質粒純化中會伴隨質粒一同被純化出來。質粒中內毒素含量的高低常用EU/?g質粒表示。
按照EU/?g大小，質粒被分為三個級別：測序級別（>50EU/?g）、轉染級別(<50EU/?g)和無內毒素級別(<0.1EU/?g)。
內毒素對于生物學應用的影響
內毒素會對原代細胞和敏感培養細胞的DNA轉染過程造成重要影響，內毒素水平的升高會導致轉染效率的急劇下降。而且，使用不含內毒素的質粒DNA對于基因治療的相關應用至關重要，因為內毒素會導致發熱、內毒素性休克綜合癥，并會在動物和人體上激活補體級聯反應。內毒素也會干擾如巨噬細胞和B細胞一類免疫細胞的體外轉染實驗，導致免疫反應的非特異性激活。這些效應還包括對如IL-1和前列腺素等免疫介質的誘導性合成。為了避免對實驗結果的錯誤判斷，確保塑料制品、培養基、血清和質粒DNA中均無LPS污染十分重要。
不同質粒制備方法中的內毒素污染
內毒素分子的化學結構與性質，以及它們形成膠束結構的傾向性，都使得它們容易與質粒DNA共同被純化出來。例如，在CsCl超速離心法當中，CsCl結合的DNA很容易被內毒素分子所污染，因為在CsCl中內毒素與質粒——溴化乙錠復合物具有相似的密度。
在大尺寸DNA純化樹脂上，高分子量膠束樣內毒素很類似于高分子量的DNA分子；在陰離子交換色譜法當中，內毒素分子上的負電荷能夠與陰離子交換樹脂相互作用，從而導致內毒素與質粒DNA被共同純化下來。不過，質粒DNA中內毒素污染的水平很大程度上依賴于所使用的純化方法。QIAGEN Plasmid Kit和2xCsCl梯度離心法均能夠生成較低內毒素含量的高純度DNA。硅膠懸漿法純化出的DNA則含有顯著升高的內毒素污染。使用EndoFree Plasmid Kit抽提出的DNA僅含有可忽略不計的微量內毒素（<0.1EU /ug質粒DNA）。
