有兩種考馬斯亮藍：考馬斯亮藍G250和考馬斯亮藍R250。前者在結構上比后者多兩個甲基。名字中的“G"是綠色的縮寫，因為考馬斯亮藍G250的藍色染料是淺綠色；名字中的“R"是紅色的縮寫，因為R250的藍色染料是微紅的；

">“250"代表考馬斯亮藍R250的純度。在生化實驗中，考馬斯亮藍R250常用在蛋白質定量和蛋白質電泳中的蛋白質染色。

工作原理是：考馬斯亮藍R250經過蛋白質中氨基和羧基之間的靜電結合和范德華力與蛋白質形成強但非共價連接的復合物。蛋白質-染料復合物的形成穩定了染料攜帶的帶負電荷的陰離子（例如磺酸基團），從而在膜或膠上產生肉眼可見的藍色。

考馬斯亮藍R250多用于電泳蛋白的染色，染色靈敏度相比氨基黑要高出5倍，可達0.1μg蛋白。考馬斯亮藍R250染色后，需要先褪色再觀察蛋白條帶。

考馬斯亮藍G250 盡然靈敏度較低，也可用作 R250 的替代品，是一種快速簡便的蛋白質染色方法。它具有以下特點，即在pH 2.0以下，溶液為無色；pH 7.0 時，溶液呈深藍黑色；如果酸化，溶液是透明的棕褐色。當 G250 與蛋白質結合時，溶液恢復為藍色，這主要是由于蛋白質分子周圍的 pH 值較中性。在合適的條件下，當凝膠在酸化的 G250 溶液中染色時，它顯示出藍色的蛋白質條帶，帶有淺琥珀色背景。

此法條帶顯影快，底色也很淺，條帶看起來清晰，不需褪色。G250 對大多數蛋白質的檢測下限為 0.5 g。 雖然靈敏度有所降低，但操作快捷方便，與R250 染色相比最多可節省 11 小時。