無菌藥品的要求在制藥行業中算是最為嚴格的。近些年，藥品質量控制的觀念也在不斷發生改變，從“檢驗控制藥品質量"到“通過生產過程控制"，繼而又到“質量源于設計"理念。
質量控制，特別無菌檢查的可信度很低，憑無菌檢查結果來判斷批次是否無菌并不能確保無菌藥品的質量。最終產品的無菌絕不能只參考質量檢測下定論。
藥品生產過程必須嚴格遵守工藝流程，藥品生產所需的潔凈區是無菌生產的基本要求。潔凈室內的微生物種類和數量是無菌藥品質量控制中重要參考內容。潔凈室監控參數主要有：溫濕度、壓差、換氣次數、風速、氣流流型、懸浮粒子、浮游菌、沉降菌、表面微生物與人員微生物等。微生物檢測是潔凈室檢測中的尤為重要指標。
通常來說，潔凈室微生物污染來源和種屬概括如下：
潔凈區檢出菌的鑒別在污染調查中非常有用。新版GMP要求，需對環境及不同階段產品監控的微生物進行鑒定，并建立污染菌種庫，便于對日常監測中出現異常菌株與菌種庫進行比對，查找其來源，以便采取有效措施。
通常，潔凈區里典型的污染菌主要來自：
人體表面：革蘭氏陽性球菌為主
環境：革蘭氏陽性桿菌為主
各種水源：革蘭氏陰性桿菌為主的微生物
污染來源舉例分析
檢出菌的鑒定在無菌保障工藝中非常重要，可以反映出許多細節。
舉例如下：
1、當潔凈區檢出菌庫的類別以革蘭氏陽性球菌屬為主的情況下，大致符合上述比例，表明潔凈室繼續在正常范圍內起作用，不bi過分擔憂。
2、 潔凈區檢出菌中，皮膚相關的微生物最常見，微球菌屬和葡萄球菌屬占50%以上，第二個最常見的屬是芽孢桿菌屬約占13%。
雖然革蘭氏陽性微生物在潔凈室中普遍存在，但其實對于葡萄球菌和微球菌屬，許多物種是人類身上固有的微生物。應注意調查此部分微生物的被采集者，加強培訓，提高人員的無菌意識，規范人員更衣程序和潔凈區行為。
3、微球菌屬中藤黃微球菌檢出率最高，它是藥物環境監測中最常見的微生物之一。通常與人體皮膚有關，尤其是與頭部，手臂和腿部有關。無菌技術的缺陷以及潔凈室管理不善是藤黃微球菌污染的常見原因。
4、芽孢桿菌屬中蠟狀芽孢桿菌檢出率最高，蠟狀芽孢桿菌的孢子通常被確定為最難消毒和根chu的。根據檢出地點，應引起足夠重視。
5、丙酸桿菌和棒狀菌毋庸置疑來自于人體。但當某短時間在高級別潔凈室中頻繁檢出如人表皮葡萄球菌屬、丙酸桿菌屬等來自于人體的微生物，應注意生產過程中，規范人員更衣程序和潔凈區行為。或者評估所穿潔凈服的過濾能力，潔凈服由于反復滅菌使用，并無法保證所有重復使用的潔凈服都具有相同的過濾性能。
6、革蘭氏陽性桿出現在物體表面的頻率更高。與A、B級潔凈區相比，C、D級潔凈室中，革蘭氏陽性桿的數量相對較高。這符合正常現象，因為物品進入低級潔凈室的清潔消毒程序往往較不嚴格。
7、 潔凈區中革蘭氏陰性桿菌和真菌的檢出率較低。但意味更深遠。應引起特別重視。
8、 潔凈區中革蘭氏陰性桿菌的比例指示水源污染程度。在D級潔凈室中， 革蘭氏陰性桿菌占分離物的比例要大得多。這也反映了在這些地區水槽（水源）較多。
若在A、B級潔凈室中革蘭氏陰性桿菌的比例較高，應引起重視。可能與潔凈室濕度設置過高有關，或部分水漬未及時清理擦干，也存在制藥用水過濾除菌不夠徹di的可能。企業可以實行無水化管理。
9、 在檢出菌的鑒別中，葡萄球菌的不同種屬的鑒定可能挖掘不出太多有用的信息；但在B級潔凈室中鑒別到假單胞菌樣則意味著很多，務必需要擴大調查。
10、絕大多數來自潔凈區的細菌是中溫好氧或兼性需氧菌。但在使用特殊氣體，有時與冷凍干燥機相關聯的情況下，部分細菌可在厭氧條件下生長和被發現。
如痤瘡丙酸桿菌可能在凍干制品中被發現，因為本菌為厭氧或兼性厭氧，是無菌灌封中令人頭痛的一個微生物《2010GMP實施指南：無菌制劑》，根據經驗，該微生物直到在培養基中培養12 天后才能生長到肉眼可以觀察的濃度。
11、 芽孢污染是制藥企業車間較為嚴重的污染之一，應注意每月交替更換消毒劑，使用殺孢子劑定期殺滅芽孢。
12、潔凈區中真菌的檢出率也很低。如果真菌的發生率較高，鑒于真菌的生長特性，反映了一些潔凈室的濕度較高或者通風不良。
特別每年梅雨季節時，空氣濕度大，真菌可能快速生長繁殖，如果物品傳遞、脫包消毒程序不夠完善，未經處理的外氣流流入或者物品和人員可能攜帶微生物帶入潔凈區。
潔凈室一旦有大量真菌污染，采用紫外消毒或消毒液不易殺滅，以致無菌保障水平得到嚴重破壞，應當重視潔凈區真菌污染。
13、無菌測試結果為陽性時，檢出菌應當鑒定到種。應當回顧微生物監測數據，確認污染源自測試中所使用的物料或技術的差錯，可判該測試無效，否則判該批次不符合要求，應調查生產或實驗室存在問題，并深入全面地調查整個生產工藝。
最后，潔凈區檢出菌所反應出的信息遠不止上述內容，我們目前還只是管中窺豹。無菌保障工藝中關鍵的方面，是將污染數據與污染控制措施相關聯。重點分析微生物趨勢并采取相應措施。通過檢出菌鑒別盡可能找到污染源，消除或減少污染源頭的風險比依靠空氣過濾或清潔程序更有意義。
